简介：奥秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度商定之时，离开了NERV底层中央教条的白色水池边。她的命运似乎就将在此完毕。
　　在危殆时辰，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完方案”的探查任务，还要维护碇真嗣与明日香，以及防范SEELE 对初号机与二号机的物理接触。
　　出于碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？临时与SEELE同事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的喜剧”，而酝酿了的“人类补完方案”能否完成？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。